তিনি ১৯৭৮ সালে লন্ডন থেকে অ্যানেস্থেশিয়ায় ডিপ্লোমা অর্জন করেন এবং এরপর আরও দুই বছর ওয়েলসের নিউপোর্ট গোয়েন্ট হাসপাতালে অ্যানেস্থেটিস্ট হিসেবে কাজ করেন। ডা. জাহানারা আলাউদ্দিন ১৯৮৩ সালে ঢাকা শিশু হাসপাতালে কনসালটেন্ট অ্যানেস্থেটিস্ট হিসেবে যোগদান করেন। পরবর্তীতে তিনি সিনিয়র কনসালটেন্ট এবং অ্যানেস্থেসিওলজি বিভাগের প্রধান হন এবং পঁচিশ বছরেরও বেশি সময় ধরে এই হাসপাতালে কর্মরত আছেন।